Naktuinbouw houdt toezicht op teeltmateriaal. Als onafhankelijke organisatie voert Naktuinbouw keuringen uit zoals deze zijn voorgeschreven in de Europese richtlijnen en Nederlandse wetgeving (krachtens de Zaaizaad- en plantgoedwet). Meer informatie over regelgeving. De tarieven voor de keuringen en inspecties worden vastgesteld door de Minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit.
De keurmeesters van Naktuinbouw controleren bedrijven, het productieproces en het materiaal en de documenten die bij de verhandeling noodzakelijk zijn. Wanneer het materiaal aan de eisen voldoet mag het materiaal in het handelsverkeer worden gebracht. Voldoet het materiaal niet aan de gestelde eisen, dan ziet Naktuinbouw erop toe dat dit materiaal niet in het handelsverkeer terechtkomt. Door middel van deze zogenaamde 'standaard kwaliteitskeuring' kunnen producenten van teeltmateriaal standaardkwaliteit (EG-kwaliteit / CAC) garanderen.
Naast de verplichte standaard kwaliteitskeuringen, geeft Naktuinbouw ook certificaten uit aan vermeerderaars die de extra zorg en aandacht aan hun producten graag beloond zien. Naktuinbouw maakt met diverse kwaliteit-plus-systemen topkwaliteit herkenbaar.
Namens de Plantenziektenkundige Dienst voert Naktuinbouw (sinds 1993) de plantenpaspoortcontroles uit welke voor bepaalde gewassen zijn voorgeschreven door de Europese Unie.
Naast deze fytosanitaire controles worden sinds september 2007 ook de import - en exportinspecties door Naktuinbouw uitgevoerd namens de Plantenziektenkundige Dienst. Het gaat hierbij vooral om teeltmateriaal in de sectoren bloemisterij-, boomkwekerij- en groentegewassen.
Naktuinbouw controleert op bacterievuur (Erwinia amylovora) in de bufferzones. Hiertoe is een overeenkomst gesloten tussen de Raad voor de Boomkwekerij en Naktuinbouw. Voorheen voerde de Plantenziektenkundige Dienst (PD) deze controles uit.

