Naktuinbouw heeft wortels in de late negentiende eeuw. Een groeiende behoefte aan het waarborgen van de kwaliteit van plantmateriaal en zaad leidde tot verschillende keuringsinitiatieven. De Nederlandse Pomologische Vereniging, waaruit de latere Nederlandse Fruittelers Organisatie (NFO) voortkwam, is opgericht in 1898.
Zij had tot doel de fruitteelt te bevorderen en streefde naar meer garanties ten aanzien van kwaliteit en soortechtheid van het plantmateriaal. De vereniging slaagde toen nog niet in haar opzet; de tijd was niet rijp voor een centrale opzet van keuringsactiviteiten. Ondertussen voerden tal van regionale landbouwverenigingen eigen keuringen uit.
In 1919 worden het Centraal Comité voor de Keuring van gewassen in Nederland en het Keuringsinstituut voor Zaaizaad- en Pootgoed opgericht. Beide organisaties beconcurreren elkaar.
De oprichting van de Nederlandse Algemene Keuringsdienst (NAK) brengt in 1932 meer duidelijkheid en centrale coördinatie. De NAK stelt een regelingscommissie samen bestaande uit vertegenwoordigers van verschillende landbouworganisaties. Deze commissie stelt keuringsvoorschriften op.
Voor tuinbouwgewassen vormt de NAK in 1933 de afdeling Tuinbouwkeuringen. In fruitgewassen vinden op uitgebreide schaal keuringen plaats. Vooral groentezaadtelers en handelaren verzetten zich tegen de keuringsopzet van de NAK. Zij voelen zich beperkt in werkzaamheden die zij als eigen verantwoordelijkheid zien. In 1936 richten zij het Bondskeuringsinstituut voor Zaaizaden (BKZ) op, gevestigd in Heiloo.
De overheid reageert in 1939 met de oprichting van de Nederlandse Algemene Keuringsdienst voor Groente- en Bloemzaden (NAKG), die in 1941 werd geformaliseerd.
In 1942 volgt de instelling van een rijkscommissie voor de keuring van cyclamenzaad in Aalsmeer. Het verhandelen van ongekeurde zaden is niet langer toegestaan. Deze commissie, bestaande uit vooraanstaande zaadtelers, is de voorloper van de latere NAKS.
De Nederlandse Algemene Keuringsdienst voor Boomkwekerijgewassen (NAKB) ontstaat in 1943. De tot die tijd door de NAK, afdeling Tuinbouw, gekeurde fruitgewassen, aardbeiplanten en boomkwekerijgewassen worden voortaan door de NAKB gekeurd.
In 1947 ziet Nederlandse Algemene Keuringsdienst voor Siergewassen (NAKS) het licht. In eerste instantie wordt alleen uitgangsmateriaal van cyclamen en anjers gekeurd.
De Zaaizaad en plantgoedwet (1966) geeft de keuring een wettelijke basis. Kwekers van keuringsplichtige gewassen moeten zich aansluiten bij een keuringsdienst. In de EEG ontstaan verkeersrichtlijnen voor landbouw- en bosbouwgewassen.
Begin jaren zeventig wordt de EEG richtlijn voor het verkeer van groentezaden en de toelating van groenterassen van kracht. Vanaf dan moeten groenterassen op onderscheidbaarheid worden getoetst en op een verkeerslijst worden geplaatst voordat teeltmateriaal mag worden verhandeld. NAKG krijgt er met het toelatingsonderzoek van groenterassen een nieuw werkterrein bij.
In 1992 stelt de EG nieuwe richtlijnen op voor teeltmateriaal van fruitgewassen, groenteplanten en siergewassen. Hierin staat de leveranciersverantwoordelijkheid voor productie en levering van goed teeltmateriaal centraal.
Vanaf 1993 verzorgen de keuringsdiensten fytosanitaire inspecties, gericht op afgifte van het EG-plantenpaspoort. Inspectiewerkzaamheden op quarantaineorganismen worden overgenomen van de Plantenziektenkundige Dienst en onder diens toezicht uitgevoerd.
In 1994 fuseren NAKB en NAKS tot de Nederlandse Algemene Keuringsdienst voor Bloemisterij- en Boomkwekerijgewassen (NAKB).
Met de komst van de EU-richtlijn Siergewassen in 1998 krijgt teeltmateriaal van alle siergewassen EU-kwaliteitsvoorschriften.
NAKB en NAKG fuseren op 1 januari 2000 tot de Nederlandse Algemene Kwaliteitsdienst Tuinbouw (Naktuinbouw).
In 2002 Naktuinbouw neemt het kwekersrechtonderzoek voor groentegewassen over van het Centrum voor Genetische Bronnen Nederland.
Op 1 januari 2006 volgt de overname van het kwekersrechtonderzoek van plantenrassen van landbouw- en siergewassen van Wageningen-UR. De nieuwe Zaaizaad- en plantgoedwet (2005) is vanaf 1 februari 2006 van kracht.
Op 1 september 2007 start Naktuinbouw met de uitvoering van fytosanitaire import- en exportinspecties. Na een intensief overhevelingsproces (‘Plantkeur’) beschikt Naktuinbouw over de benodigde kennis en kwalificaties.
Het ondersteunende Bureau van de Raad voor plantenrassen wordt in de organisatie geïntegreerd.
Het kwekersrechtonderzoek voor siergewassen verhuist op 1 januari 2009 van Wageningen naar Roelofarendsveen.
Door de komst van nieuwe taken en werkzaamheden is de organisatie uit haar jasje gegroeid. Op 1 april 2009 wordt een nieuw en groter kassencomplex in Roelofarendsveen geopend.



