Operationeel

Naktuinbouw heeft drie grote afdelingen: Keuringen, Laboratoria en Rassen & Proeven. Een directie van twee personen stuurt de managers van de afdelingen aan. De stafafdelingen ondersteunen de afdelingen en de directie.

Financiën
De financiële organisatie van Naktuinbouw is ingericht volgens bovenstaande structuur. Alle inkomsten komen van bedrijven waar keuringen/inspecties worden gedaan, die rassen laten onderzoeken of die opdrachten voor laboratoriumwerkzaamheden geven. De kosten worden doorberekend op basis van het zogemaande 'kostenmaker/kostendrager-principe'. Naktuinbouw ontvangt geen financiële ondersteuning van het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit of het Productschap Tuinbouw. In totaal gaat er bij Naktuinbouw 22 miljoen euro per jaar om.

De drie sectoren - bloemisterij-, boomkwekerij- en groentegewassen - binnen de afdeling Keuringen werken elk met een eigen budget, dat de sectorbesturen vaststellen en waarvoor ze zelf verantwoordelijk zijn. Keuringswerkzaamheden worden betaald uit de keuringsheffingen, via jaarlijks vast te stellen tarieven.

De afdelingen Laboratoria en Rassen & Proeven hebben ook een eigen budget en budgetverantwoordelijkheid. Voor het uitvoeren van taken (toetsingen en beoordelingen voor keuringsbeslissingen) krijgen zij inkomsten uit opdrachten van de afdeling Keuringen en van bedrijven. Ook hiervoor worden jaarlijks tarieven vastgesteld.

Personeel
Per januari 2010 zijn er bij Naktuinbouw 262 medewerkers in dienst. Voor seizoenswerk doet Naktuinbouw een beroep op tijdelijke krachten. Deze werken met name in de buitendienst van de afdeling Keuringen en bij Rassen & Proeven op de proeflocaties.

Geregistreerde bedrijven
Producenten van teeltmateriaal zijn uiteraard zelf verantwoordelijk voor de kwaliteit van hun producten. Naktuinbouw ziet toe op een goede bedrijfsvoering bij de geregistreerde bedrijven. Dit zijn veredelaars, vermeerderaars, producenten en handelaren.
 
Huisvesting
Naktuinbouw is gevestigd in Roelofarendsveen. Hier zijn de afdelingen Keuringen (bloemisterij- en groentegewassen), Laboratoria en Rassen & Proeven, de ondersteunende diensten en de directie gehuisvest. De afdeling Keuringen werkt daarnaast vanuit een vestiging in Raamsdonksveer (boomkwekerijgewassen). Een onderdeel van de afdeling Laboratoria, Toetscentrum, is in het Limburgse Horst ondergebracht. Een deel van de administratieve werkzaamheden voor het kwekersrechtonderzoek is gevestigd in Wageningen.