De Stichting Naktuinbouw kent een bestuurlijke structuur met een Stichtingsbestuur, Sectorbesturen en Adviescommissies. Vanuit de dagelijks praktijk is Naktuinbouw in te delen in drie grote afdelingen (Keuringen, Laboratoria en Rassen & Proeven), welke worden ondersteund door onder meer: Financiën, Personeelszaken en Communicatie.

