Stichtingsbestuur
Het bestuur van Naktuinbouw wordt benoemd vanuit de sectorbesturen. De voorzitter van het stichtingsbestuur is door de minister van LNV benoemd, onafhankelijk en waarborgt vanuit deze status een evenwichtige besluitvorming. De voorzitter zit zowel het stichtingsbestuur als de sectorbesturen voor. Het bestuur wordt bijgestaan door een secretaris.
Het op voet van de Zaaizaad- en plantgoedwet 2005 vereiste toezicht door de minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit wordt namens deze uitgeoefend door de heer ir. M. Valstar.
Het stichtingsbestuur bestaat uit de volgende leden:
| Naam | Functie | Afgevaardigd namens het sectorbestuur |
| ir. H.J.L.J. Lange | voorzitter | |
| mr. R.G.J. Broenink | secretaris | |
| J.C.J. van der Meij | 1e ondervoorzitter | Bloemisterijgewassen |
| G.A.M. Zuidgeest | Bloemisterijgewassen | |
| J.W.J. van Leeuwen | 2e ondervoorzitter | Boomkwekerijgewassen |
| mr. H. Westerhof | Boomkwekerijgewassen | |
| ir. A.C. van Elsen | Groentegewassen | |
| H.G.J. Gipmans | Groentegewassen |